生物技术管线全景研究（Biotech Pipeline Landscape）

生物治疗专项调研 Skill

适用场景

当用户为生物制药企业（药企、投资机构、CRO/CMO等），需要对以下方向进行系统性调研时，优先激活本 Skill：

• 公司全管线梳理（CAR-T / TCR-T / TIL / iNKT / 溶瘤病毒 / 基因治疗 / 抗体）
• 单一品种深度调研（差异化特性、评估体系、竞品格局、专利FTO、序列查询）
• 区别于传统药物的评估体系建立（CAR-T/基因治疗领域）
• 序列查询与FTO分析（scFv序列比对、专利侵权扫描、设计绕开策略）
• 专项HTML报告生成与迭代修订（含修改意见逐条落实）

工作流总览

本 Skill 按以下 6 个阶段顺序执行，每阶段有明确输入/输出和工具调用策略：

Phase 0 → 实体识别与管线梳理
Phase 1 → 单品种差异化需求特性分析
Phase 2 → 生物治疗专属评估体系构建
Phase 3 → 竞品格局与专利分析
Phase 4 → 序列查询与FTO技术实现
Phase 5 → HTML报告生成与迭代修订

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Phase 0：实体识别与管线梳理

输入

• 公司名称（中文/英文/简称均可）
• 可选：关注的技术领域（如仅CAR-T）

执行步骤

1. 公司实体匹配

   • 使用 ls_drug_search（按公司名过滤）获取公司全管线
   • 同时检索母公司/子公司/合作机构名称
   • 示例：上海医药 → 上药生物治疗 → SPH Biotherapeutics

2. 管线汇总表 必须包含字段：

   • 药物代码、中文名、药物类型（CAR-T/TCR-T/溶瘤病毒等）
   • 靶点、适应症、全球最高研发阶段、开发方

3. 管线分类输出

   • 按技术平台：细胞治疗 / 基因治疗 / 抗体 / 溶瘤病毒
   • 按阶段：已上市 / 临床（附登记号）/ IND获批 / 临床前 / Discovery

输出

• 管线全览表（Markdown + 数据来源标注）
• 关键洞察摘要（技术平台特征、进展最快品种、合作模式）

质量规则

• 所有管线数据必须来自智慧芽数据库真实检索，不推断、不补全
• 临床阶段必须有登记号支撑（CDE/ChiCTR/NCT），无登记号时标注"待核实"
• 公司名称匹配多个实体时，逐一列出并说明关系

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Phase 1：单品种差异化需求特性分析

触发条件

用户指定某一具体品种进行深度调研

执行步骤

1. 品种基本信息核查

   • 使用 ls_drug_fetch 获取完整品种详情
   • 核查：靶点、适应症、构型、研发阶段、临床登记号、开发主体

2. 构型信息表（CAR-T专属） 以下字段必须明确，或标注"待补充/公开信息不足"：

   • CAR类型：tandem CAR / dual CAR / co-transduction / co-administration
   • scFv排列顺序（如 CD19-linker-CD22 或 CD22-linker-CD19）
   • Linker类型和长度（GS linker，如 (G4S)3）
   • Hinge 与 transmembrane 区（CD8α / CD28 / 41BB）
   • 共刺激域：4-1BB（持久性↑）vs CD28（激活速度↑）
   • 安全开关：iCasp9 / EGFRt / RQR8 等（是否集成）
   • 载体系统：慢病毒 / 逆转录病毒 / 转座子 / 非病毒

3. 差异化特性分析（4维度）

   • 靶点组合的生物学合理性（抗原表达、逃逸覆盖）
   • 构型设计的技术差异（与主流单靶点产品对比）
   • 自体/通用型平台的安全性差异
   • 适应症宽度与市场覆盖潜力

4. 文献证据支撑

   • 使用 ls_paper_vector_search 或 ls_paper_search 检索核心文献
   • 证据等级优先级：系统综述/Meta > 前瞻性RCT > IIT > 回顾性RWE > 会议摘要
   • 所有数据附 [S#] 来源标记

输出

• 差异化特性分析报告
• 构型信息表（已知字段 + 待补充字段）

质量规则

• 禁止使用 "FTO风险降低X%" 等无计算依据的量化表述
• CDR差异判断须说明：差异 + 框架区 + 亲和力 + 构型 + 功能数据共同决定IP空间
• 构型未公开时，明确标注"公开信息不足，需通过专利、IND资料或企业访谈补充"

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Phase 2：生物治疗专属评估体系构建

核心原则

生物治疗（CAR-T/基因治疗）与传统小分子/单抗存在根本性差异，必须建立专属评估维度。 参考：references/car_t_evaluation_framework.md

2.1 传统药物 vs 生物治疗评估对比

2.2 CAR-T专属8模块评分表（A–H，各1–5分）

4维度综合输出：

• 技术成熟度（模块A+B）
• 注册可行性（模块D+E+F）
• 商业化可行性（模块C+H）
• IP风险（模块G）

2.3 CAR-T/基因治疗通用监管CMC框架

适用范围：CAR-T / TCR-T / TIL / AAV基因治疗 / LNP-mRNA / 基因编辑

共同评价维度：

• 载体设计（序列完整性、插入突变风险）
• 转基因表达（蛋白水平、功能活性）
• 脱靶风险（CRISPR Off-target、RCL/RCR）
• 免疫原性（抗载体抗体、HAMA）
• 长期随访（FDA要求≥15年，用于整合型载体）

与传统药物不同的CMC要点：

• 可比性研究（工艺变更后的可比性桥接）
• 效价方法（功能性杀伤试验 vs 细胞计数）
• 批次一致性（自体产品的患者间差异管理）
• 稳定性（冻存货架期、运输稳定性）

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Phase 3：竞品格局与专利分析

3.1 竞品数据获取

1. 已上市产品

   • ls_drug_search 按靶点+类型检索
   • 必须核验：首次获批日期、获批机构（NMPA/FDA/EMA）、商品名、适应症
   • 2024年后获批产品标注 "请与官方监管来源核实"

2. 在研竞品

   • 临床数据库检索同靶点在研品种
   • 逐一核验临床登记号真实性、试验状态
   • 无法核验时标注"登记号待核实"，不写"经智慧芽验证"

3.2 专利格局分析

1. 核心专利检索

   • patent.search 检索：靶点 + CAR-T + scFv / chimeric antigen receptor
   • 重点字段：专利号、申请人、核心权利要求、法律状态、优先日、地域覆盖

2. 专利同族地图 必须包含：

   • 覆盖地域：CN / US / EP / JP / KR / AU / CA
   • 法律状态：active / pending / inactive / granted / expired
   • 权利要求类型：序列 / 构型 / 细胞 / 用途 / 制备方法
   • 与目标品种的潜在冲突点

3. FTO风险分层（禁用百分比量化）

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Phase 4：序列查询与FTO技术实现

参考资源

详细SOP见：references/sequence_fto_sop.md

4.1 工具调用链（8步SOP）

Step 1  输入序列准备（FASTA格式，逐片段提交）
Step 2  数据库选择（ALLPATENT / CLAIMS）
Step 3  ls_sequence_search_submit → 获取 job_id
Step 4  ls_sequence_search_check_status 轮询（30秒间隔，≤10分钟）
Step 5  ls_sequence_search_get_results（identity≥80%, qcov≥90%）
Step 6  结果分层判读（高/中/低风险）
Step 7  专利映射 → FTO映射表
Step 8  输出交付物（命中清单 + CDR差异表 + FTO矩阵 + 绕开建议）

4.2 序列命中 → FTO映射表（必含字段）

4.3 制造QC序列检测节点

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Phase 5：HTML报告生成与迭代修订

参考资源

报告检查清单见：references/html_report_checklist.md

5.1 报告结构（13章标准版）

5.2 HTML视觉规范

• 配色：深蓝渐变封面（#1a237e → #283593）+ 天蓝/青绿品牌色系
• 导航：顶部固定导航栏，章节锚点跳转
• 组件：数据卡片（stat-card）、进度条、时间线、可折叠详情（details/summary）
• 专利链接：直接跳转智慧芽全文（https://eureka.zhihuiya.com/view/#/fullText?patentId=...）
• 响应式：CSS Grid/Flexbox 布局，支持手机/平板/PC
• 打印：@media print 样式，支持PDF导出
• 文件大小：目标50–80KB

5.3 写入规范（分块写入）

files.begin_write（path: @session/reports/<品种名>_biotech_report_v.html）
→ files.append × N（每块 ≤ chunk_target_bytes，sequence递增）
→ files.finish_write

5.4 修订迭代规则

当用户提供修改意见文档（.md / .docx）时：

1. files.cat 读取完整修改意见
2. 按优先级分类：P0（事实/口径）→ P1（重要补充）→ P2（优化建议）
3. 逐条落实，生成修订对照表
4. 重新生成完整HTML，文件名加版本号（v2.0, v3.0...）
5. 输出修订对照摘要，说明每条处理方式

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数据来源与质量规则

必须遵守的口径规则

1. 临床登记号：临床阶段必须有CDE/ChiCTR/NCT登记号；无登记号标注"临床登记号待核实"
2. 获批日期：2024年后获批产品标注"请与NMPA/FDA官方来源核实"
3. FTO量化：禁止使用"FTO风险降低X%"表述，改为"高/中/低"分层
4. IP判断：单一CDR差异不足以构成独立IP空间，需多维度证据
5. 来源标记：所有关键数据附 [S#] 标记，不可用"经智慧芽验证"代替具体来源
6. 负面结果：无法获取的信息标注"公开信息不足"，不推断补全

工具优先级

持续监控主题（5大）

1. 同靶点新专利公开（每周）
2. scFv序列同源专利新增（每月）
3. 竞品临床状态变化（每周）
4. CDE/NMPA/FDA获批和突破性疗法认定（实时）
5. 真实世界研究发表 + 自免适应症扩展（每月）