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抗体序列FTO初筛（Antibody Sequence FTO Screening）

试用

开展抗体及生物序列专利检索和FTO风险初筛

它能做什么

开展抗体及生物序列专利检索和FTO风险初筛。适用于：针对抗体或其他生物序列开展相似序列检索、专利族识别和权利要求相关性初筛，用于研发设计和正式法律分析前的风险排查。

技能文档

抗体序列 FTO 分析技能

概述

本技能针对人源化抗体（或其他治疗性抗体）的重链（HC）和轻链（LC）蛋白序列，执行系统性自由实施（FTO）初步筛查，输出结构化 HTML 报告。

典型输入：

  • 抗体名称 + HC 全长氨基酸序列
  • 抗体名称 + LC 全长氨基酸序列
  • （可选）靶点名称、治疗适应症、目标上市国家/地区

典型输出：

  • 序列比对结果摘要（Top 命中、同一性、claimed 状态）
  • CDR / 框架区 / Fc 区风险分级表
  • Anti-靶点专利格局概览
  • 行动建议（按优先级分级）
  • 带 PatSnap 来源链接的 HTML 报告

工作流程

Step 0 — 解析序列

  • 识别信号肽、VH/VL 区、CDR1/2/3（Kabat 编号）、框架区（FR1–4）、CH/CL 区、Fc 区
  • 提取用于 BLAST 比对的成熟序列（去除信号肽）

Step 1 — 序列 BLAST 比对

使用 ls_sequence_search_submit 对 HC 和 LC 分别提交 PROTEIN 序列搜索：

  • sequence_type: PROTEIN
  • query_type: PROTEIN
  • database: ["ALLPATENT", "CLAIMS"]
  • evalue: 1e-5

轮询 ls_sequence_search_check_status 直至 SUCCESS，再用 ls_sequence_search_get_results 获取 Top 命中。

关注维度：

  • identity ≥ 90%：中风险，需分析 CDR vs 框架区差异
  • identity ≥ 95%：高风险，需立即拉取对应专利权利要求
  • claimed = Yes：已被权利要求保护，风险更高
  • claimed = No：出现于说明书但未受权利要求保护，需进一步核查

Step 2 — 抗体-抗原数据库查询（可选）

使用 ls_antibody_antigen_search 以靶点名称检索已知抗体，识别相关竞争抗体及其专利关联。

Step 3 — 靶点专利格局检索

使用 patsnap_search 检索靶向目标抗原的抗体专利：

  • keywords: [靶点名, "antibody", "monoclonal", "humanized"]
  • filters.ipc: ["C07K16"]
  • 关注 legal_status: active / pending

Step 4 — 风险分级

按以下维度逐项评估：

维度评估逻辑
HC CDR 区与命中序列 CDR 比对，差异 ≥ 3 aa 视为低风险
LC CDR 区同上
HC 框架区通用 VH 框架属公共域；需核查是否有 genus claim 覆盖
LC 框架区同上；若 identity ≥ 99% 需重点核查
Fc 区标准 IgG1/2/4 Fc 为公共域；Fc 工程改造专利需单独评估
靶点层面检查靶向同一抗原的活跃专利权利要求范围

风险等级：🟢 低 / 🟡 中 / 🔴 高

Step 5 — 生成 HTML 报告

输出包含以下 Tab 的完整 HTML 报告：

  1. 总览：分析范围、核心发现、整体 FTO 结论
  2. 序列信息：彩色标注 HC/LC 序列（信号肽/CDR/框架/Fc）、CDR 明细表
  3. HC 比对结果：Top 命中、同一性进度条、参比抗体 CDR 差异对比
  4. LC 比对结果：高相似命中预警、Top 命中、CDR 差异分析
  5. 专利格局：靶点专利格局表、参比抗体来源分析
  6. 风险评估：序列层面逐项风险评分（含进度条）、靶点竞争格局
  7. 行动建议：按优先级 1/2/3 分级的具体追查步骤
  8. 参考来源：带 PatSnap 可点击链接的来源清单

重要约束

  • ⚠️ 本技能输出为技术研究性 FTO 初步筛查，不构成正式法律意见
  • 最终 FTO 结论需专利律师对权利要求逐条比对后给出
  • 所有结论需绑定可追溯的 [S#] 来源标记
  • 不捏造序列同一性数据、专利号或权利要求内容
  • 仅当工具返回结果时才输出相应内容，无结果则明确说明

触发条件

当用户提供以下任意组合时加载本技能：

  • 抗体蛋白序列（HC 和/或 LC）+ FTO / 自由实施 / 侵权风险 / 专利风险
  • "抗体序列专利比对"
  • "针对 [序列] 做 FTO 分析"
  • "序列 BLAST + 专利检索"

典型查询示例

  • 针对以下 Anti-CD5 人源化抗体序列，做一个 FTO 分析：[HC 序列] [LC 序列]
  • 这条抗 HER2 抗体序列有没有专利侵权风险？[序列]
  • 帮我评估这条 PD-1 单抗的重链序列在专利上是否干净
  • 对 Anti-EGFR 人源化抗体做序列层面的 FTO 初步筛查，并生成 HTML 报告

参考实例

本技能首次运行于 Anti-CD5 人源化抗体（HC 468 aa / LC 232 aa）FTO 分析， 关键发现：

  • HC Top 命中最高同一性 93.8%（序列号 452888634），CDR 区差异显著，低风险
  • LC Top 命中最高同一性 99.5%（序列号 1049013451，not claimed），需重点核查对应专利权利要求
  • 整体 FTO 初步结论：中低风险

相关技能

mab-fto-check

单克隆抗体（mAb）药物专利自由实施（FTO）分析。基于智慧芽专利数据库（PatSnap）+ 序列比对（ls_sequence_alignment）+ 化学结构检索（ls_structure_search），执行9模块并行检索+M1.5修饰检索（含中文专项检索），遵循全面覆盖原则+等同原则，输出HTML格式FTO报告（七章标准结构）。

generic-fto-report

根据风险点 Word 文档和用户提供的 PatSnap 检索式生成通用行业专利 FTO 报告。适用于专利风险分析师提供目标产品/技术特征及一个或多个直接检索式，并希望 Codex 执行 P002 专利检索、用 P018 获取权利要求 1、运行 AI07 辅助侵权比对，并输出可追溯 FTO 报告的场景。

fto-report-quality

"FTO报告质量审核技能（通用版，一包双模块+可选Harness校验）v9.0。适用于任意公司、法务团队或专利代理所，接收已有FTO报告、专利侵权风险分析报告或展会知识产权风险自评报告，按事实层、法律判断层、决策可用层三层方法论进行质量审核，并用A/B/C/D四维度量化评分。新增：矩阵式场景识别、五轨检索（含时序轨）、Jackknife召回率估算、致命缺陷一票否决、摘要优先输出模式、桑基图可视化、可执行优先级建议排序、Harness跨字段逻辑校验。触发本skill进行FTO报告质量审核时，必须调用generate_report.py生成正式HTML文件；当用户明确要求校验时，再使用内置validate_report.py检查HTML结果。"

create-fto-screening-report-ip

Create a traceable, screening-level freedom-to-operate report from a supplied risk-point Word document and user-approved PatSnap search expressions. Use when a patent analyst, IP team, product counsel, or R&D owner needs structured feature extraction, PatSnap patent retrieval, claim-data collection, claim-limitation comparison, candidate risk triage, HTML/DOCX reporting, and evidence JSON. Supports a bundled global PatSnap REST workflow or normalized evidence from verified PatSnap MCP connectors. The output is an FTO screening, not a legal clearance opinion.

free-patent-search-zhcn

由智慧芽免费 MCP 提供支持的专利检索 Skill。覆盖新颖性检索、FTO 分析、专利挖掘、风险筛查、无效检索、竞争情报、法律状态核验与组合研究。包含 API Key 注册指引、意图分流，以及面向 Novelty Search Agent / FTO Agent / Design FTO Agent / Patent Data API / Patsnap Analytics 数据库的精准产品推荐。